按照《关于同意省环境监测中心、省太湖水质监测中心站调整内设机构的批复》（苏环党组〔2018〕9号）及《关于同意省环境监测中心、省太湖水质监测中心站部分内设机构及职责调整的批复》（苏环党组〔2022〕87号），中心目前共设置15个部门，分别为办公室、党委（纪委）办公室（简称党委办）、行政后勤部（简称行政部）、综合信息部（《环境监控与预警》编辑部）（简称综合部）、规划财务部（简称规财部）、质量管理（区域质控）部（简称质量部）、水质监测部（简称水质部）、大气监测（预报）部（简称大气部）、土壤监测部（简称土壤部）、生态遥感监测部（简称生态部）、生物多样性监测部（太湖野外水质与蓝藻综合观测站）（简称生物部）、现场监测部（简称监测部）、分析测试部（简称分析部）、机动车尾气排放监管部（简称机管部）、海洋监测部（简称海洋部）。
（一）办公室
主要负责中心机要、文书、人事管理、办公自动化、档案、宣传、政务信息、图书、印章管理和保密工作。完成领导交办的其他工作。
（二）党委办
主要负责中心党群、纪检监察、精神文明建设、工会、共青团、妇女和青年工作。完成领导交办的其他工作。
（三）行政部
主要负责中心物业、房产、基建、安全、卫生、绿化、消防、车辆管理工作；负责劳保、福利、低值易耗品、试剂等耗材的入库、保管及发放工作。完成领导交办的其他工作。
（四）综合部
主要负责归口管理全省各类环境监测数据，开展生态环境质量综合分析；组织开展中心生态环境监测信息化建设、生态环境智慧监测创新工作；负责中心科研和技术管理工作；负责《环境监控与预警》期刊的出版发行。完成领导交办的其他工作。
（五）规财部
主要负责制定全省生态环境监测网络规划、计划；负责全省环境监测能力建设工作和监测任务管理；承担列入中心采购计划的货物与服务类项目政府采购及委托招标采购相关工作；牵头负责相关提案、议案的办理工作；负责中心财务、资金使用、审计、预算管理、固定资产管理工作；组织开展中心办公用品、试剂耗材的统一采购工作。完成领导交办的其他工作。
（六）质量部
主要负责中心质量管理体系建设、运行和管理工作；牵头实施全省生态环境监测系统质量控制与质量保证工作；组织开展全省实验室能力验证和实验室比对工作；依托国家质控平台，开展区域内（华东）水、大气（含源解析）、土壤、生态、海洋外部质量监督检查。完成领导交办的其他工作。
（七）水质部
主要负责组织开展全省水环境质量监测网、地表水环境质量自动监测网、集中式饮用水水源地水质监测网的监测和水环境数据管理工作；组织开展全省县级及以上集中式地下水型饮用水水源地水质监测与评价工作；组织开展全省地表水功能区监测与评价工作；承担太湖水污染及蓝藻预警监测工作。完成领导交办的其他工作。
（八）大气部
主要负责全省大气环境质量监测能力建设、网络建设以及监测数据管理工作；承担全省大气环境质量实时数据和预报的发布工作；组织开展碳监测评估工作。完成领导交办的其他工作。
（九）土壤部
主要负责全省土壤环境监测网络建设、日常管理以及监测数据管理工作；承担土壤环境专项监测工作；组织开展全省地下水环境质量监测工作；组织开展全省农村环境监测、数据管理和评价，农田退水监测以及农业面源污染监测工作。完成领导交办的其他工作。
（十）生态部
主要负责全省生态监测网络建设、日常管理以及监测数据管理工作；组织生态遥感监测体系建设，负责卫星遥感实时接收系统运行维护；负责全省生态质量监测评估工作、陆地生态系统碳汇监测、无人机监测、生态空间管控技术支持工作。完成领导交办的其他工作。
（十一）生物部
主要负责全省生物多样性监测网络建设、日常管理以及监测数据管理工作；负责环境样品生物指标的实验室分析测试工作，编制相关分析数据报告；负责太湖野外观测站运维经费、站房设施、仪器设备等日常运行管理工作。完成领导交办的其他工作。
（十二）监测部
主要负责中心和全省应急监测工作的组织协调和实施调度；负责全省声环境质量监测工作；负责全省重点污染源监督监测管理工作；负责委托、有偿监测项目的业务洽谈，签订合同和分包协议，承担开发项目的现场监测工作。完成领导交办的其他工作。
（十三）分析部
主要负责完成各类样品（含海洋样品）的实验室分析测试工作，编制相关分析数据报告；负责生态环境部批建的国家环境保护地表水环境有机污染物监测分析重点实验室日常管理工作。完成领导交办的其他工作。
（十四）机管部
主要负责组织建设全省机动车排气监管系统平台，负责省本级系统的功能升级、日常维护和管理工作；开展全省环检机构的日常监管及监督检查工作；指导车用燃油品质升级、油气回收治理改造工作。完成领导交办的其他工作。
（十五）海洋部
主要负责全省海洋生态环境监测业务规划、能力建设项目实施及监测技术指导；组织开展全省海洋生态环境监测与评价，海洋生态环境调查和海洋环境污染调查，海洋环境质量常规预报和重污染预警；负责承担海洋生态环境现场监测；组织开展海洋生态系统碳汇监测工作；承接各类委托监测服务项目。完成领导交办的其他工作。
