2012年，全省对长江、淮河、京杭大运河及部分城市河流的66个断面与太湖、洪泽湖、阳澄湖、滆湖等的51个点位开展了水生生物多样性监测工作。监测结果表明：主要河流底栖动物多样性评价等级为物种丰富或较丰富的断面占34.8％、一般的断面占33.4％、贫乏或极贫乏的断面占18.2％、未采集到底栖动物物种的断面占13.6％；主要湖泊底栖动物多样性状况好于河流，物种丰富或较丰富的测点占64.7％、一般的测点占31.4％、贫乏或极贫乏的测点占3.9％。

全省浮游动物监测结果表明：全省主要湖泊共鉴定出187种，其中原生动物68种、轮虫类55种、桡足类22种、枝角类42种，优势种为轮虫类的多肢轮虫（Polyarthra），占9.9％。浮游植物监测结果表明：全省主要湖泊共鉴定出540种，包括蓝藻门115种、绿藻门227种、硅藻门135种、隐藻门5种、甲藻门6种、裸藻门43种、金藻门4种和黄藻门5种，优势种为蓝藻门的席藻（Phormidium），占26.1％。

城市空气中微生物监测结果表明：细菌含量评价有60.3％的测点为清洁级、25.9％的测点为较清洁、13.8％的测点为轻微污染；霉菌含量评价有55.4％的测点评价为清洁级，14.3％的测点为较清洁、12.5％的测点为轻微污染、8.9％的测点为污染、8.9％的测点为中污染。