2008年，全省对长江、淮河、京杭大运河及部分城市河流的61个断面与太湖、洪泽湖、阳澄湖、滆湖等的50个点位开展了水生生物多样性监测工作。监测结果表明：主要河流底栖动物多样性评价等级为物种丰富的断面占9.7％、较丰富的断面占21.0％、一般的断面占41.9％、贫乏或极贫乏的断面占24.2％；与2006、2007年相比，底栖动物多样性状况继续好转，代表河流水环境质量状况有所改善。主要湖泊底栖动物多样性状况好于河流，物种丰富的测点占14％、较丰富的测点占44％、一般的测点占32％、贫乏的测点占10％，未发现极贫乏测点。浮游植物监测结果表明：太湖、洪泽湖、滆湖等重点湖泊藻类优势种均属蓝藻门，优势度也较高。城市空气中微生物污染情况良好，细菌和霉菌含量总体均处于清洁和较清洁水平。