2011年，全省对长江、淮河、京杭大运河及部分城市河流的67个断面与太湖、洪泽湖、阳澄湖、滆湖等的51个点位开展了水生生物多样性监测工作。监测结果表明：主要河流底栖动物多样性评价等级为物种丰富或较丰富的断面占35.8％、一般的断面占34.3％、贫乏或极贫乏的断面占29.9％；主要湖泊底栖动物多样性状况好于河流，物种丰富或较丰富的测点占66.7％、一般的测点占17.6％、贫乏或极贫乏的测点占15.7％。与“十一五”期间我省主要河流、湖泊底栖动物生物多样性总体水平相比，处于基本稳定状态。浮游植物监测结果表明：太湖、洪泽湖、滆湖等重点湖泊藻类优势种均属蓝藻门，但优势度较去年有所下降。城市空气中微生物污染情况良好，细菌和霉菌含量总体均处于清洁和较清洁水平。