江苏省环境监测中心档案室成立于 1998 年，隶属于综合科，利用档案软件实现机读目录管理，早在 1987 年拟定了《江苏省环境监测情报资料和科技档案工作评比标准》。1989 年颁发了《环境保护档案管理暂行办法》和《环境保护档案查阅、借阅暂行办法》等，组织全省监测系统开展档案工作检查和档案升级达标活动，开展档案课题研究，1995 年、1996 年承担和参加的国家环保局的档案课题分别获江苏省科技进步三等奖和国家档案局科技进步三等奖，(1991 年修订)档案管理工作也于 1998 年通过了科技事业单位档案目标管理国家二级评审。2004 年，我中心组织开发文档一体化管理系统，通过不断优化和完善已全面地实现内部档案的网络化管理与利用，实现了档案收集、整理、归档、鉴定、保管、检索、利用、统计等日常工作环节的计算机处理，实现了网上移交、在线借阅、查询、监控等真正的网络化管理，实现了办公发文系统和档案系统的二合一、归档管理和信息服务的二合一、移交登记和档案著录的二合一、电子档案和纸质等实体档案统一管理的二合一，形成一个较完善的档案管理体系。同年，中心档案工作通过了江苏省档案工作管理“特一级”评定。档案工作跨越了从传统管理方式向现代化管理方式的转变；从重后期收集转变为重档案形成全过程管理；从重实体库房保管转变为重信息服务利用;从单一纸质载体转变为多种形式和多种载体管理；经历了档案管理意识创新发展时期。2010 年完成江苏省档案工作“特一级”复审的同时达到江苏省档案工作“五星级”标准。

2017年监测中心开始建设监测新大楼，2019年1月落成并投入使用，总占地15亩，建筑面积26105平方米，建筑总层数16层，其中地上14层，地下2层。新大楼档案室位于大楼2层，配备了约200平米档案库房，档案密集架24个，设置了专门陈列室、阅览室和档案整理室，同时配备计算机、复印机、数码相机、视频监控红外报警、防磁柜、除湿机、放光窗帘、防盗门、防盗窗等专用设施。2004 年后，中心发文已全部数字化，凡本单位形成的档案电子文件，要求随纸质档案全部归档。截止至 2020 年 10月，库藏科技档案 14943卷；光盘档案 1263卷（件)；实物奖状等 383件；照片 3057件；声像图片若干；共计 19646余卷（件）。

现有档案专职管理人员 1 名，负责全中心档案工作管理；副研究馆员 1 名；各部门兼职档案员 1名，具体负责本部门档案的收集、整理和归档工作。